6月20日，美国总统唐纳德·特朗普发文表扬哈佛大学在与联邦政府的谈判中表现良好，称有可能在6月结束前与该校达成协议。
但据新华社消息，当地时间6月30日，特朗普政府向哈佛大学发出一份“违规通知”，指控该校处理校内涉嫌歧视犹太学生的方式不当，并威胁称，若该校不按要求整改，将失去所有联邦资金支持。
该通知由美国白宫的打击反犹主义联合工作组成员发出，工作组成员来自教育部、司法部等各部门。美国卫生与人类服务部的民权办公室在通知中认定，哈佛大学违反了美国民权法案第六条，对校园中反犹主义和反以色列的歧视行为“故意采取无动于衷的态度”。
联合工作组提供了57页长的调查报告，报告重点涉及去年美国高校的亲巴勒斯坦抗议潮。报告中列出了在去年10月哈佛大学的抗议活动中，犹太学生被吐口水、校园中出现反犹主义口号和标语等歧视性事件。校方向哈佛大学警察部门报告了相关情况，但没有学生受到处罚。
工作组指控哈佛大学对参加亲巴勒斯坦抗议、占领校园的学生持纵容态度，没有开除任何一名学生。通知警告，如果哈佛大学不作出整改，将“立刻丧失”所有联邦资金来源，并继续影响哈佛大学与联邦政府的关系。工作组还威胁将尽快将相关证据交给美国司法部，由司法部就哈佛大学违反民权法提起诉讼。
美国联邦政府已经暂停了对哈佛大学的26亿美元拨款。虽然哈佛大学是私立大学，主要资金来自于捐赠，但美国本土学生的学生贷款来自联邦拨款，低收入家庭学生的助学金也来自联邦政府。如果联邦政府暂停哈佛大学的学生贷款和助学金，将对该校造成严重冲击。
哈佛大学发言人贾森·纽顿发表声明，强烈反对联邦政府对该校的调查结果。声明指出，哈佛大学已采取了主动切实措施，解决校园反犹主义的源头。上月，美国教育部长琳达·麦克马洪还曾表示，联邦政府认为哈佛大学在打击反犹主义上有所进步。
美国高校收到涉及违反民权法的“违规通知”后，将面临司法部诉讼或与政府谈判和解两条路。此前，高校普遍通过谈判与政府达成和解。联邦政府此次对哈佛大学发出“违规通知”也被视为在谈判中对该校施压的手段。
在“违规通知”发出之前，消息人士透露哈佛大学与联邦政府的谈判陷入僵局。消息人士称，双方已无法在6月结束前达成协议，但今后依然有达成协议可能。在与哈佛大学谈判同时，联邦政府也在与另一所私立名校哥伦比亚大学谈判，希望从两校中找出率先达成协议的“样本”。
哈佛大学已分别就暂停部分联邦资金和禁止该校招收国际学生对联邦政府提起两起诉讼。联邦法官暂时叫停联邦政府对哈佛国际生入境的限制，直到诉讼审理完毕。该校涉及联邦资金的诉讼将于7月21日举行首次听证会。