美东时间9月3日，波士顿联邦地区法官艾莉森·伯勒斯（Allison Burroughs）裁定特朗普政府冻结哈佛大学超过26亿美元联邦资助的行为没有遵循正当程序，且侵犯了哈佛大学的言论自由权。
伯勒斯特别指出，由联邦政府资金支持的哈佛科学研究与其校园内的反犹主义不存在直接关系，因此政府应继续拨款。
据央视新闻报道，白宫发言人随后发表声明回应，称哈佛未能保护学生免受侵扰，多年来允许歧视在校园肆虐，哈佛也没有宪法赋予的获得纳税人资金的权利，联邦政府将对此裁决提出上诉。
作为私立大学，哈佛年度预算高达61亿美元，其来源构成主要包括慈善捐赠与基金收益（43%）、学费与科研收入（39%）以及联邦政府拨款（11%）等，后者主要用于基础建设和特定研究领域。
本轮中东巴以冲突在2023年爆发初期，包括哈佛在内的美国高校界反犹活动此起彼伏。
第二次入主白宫之后，特朗普誓言要对被其视为左翼大本营的部分大学采取行动，并试图迫使后者遵守他的政治议程。历史最悠久的私立大学哈佛成为重点目标。
今年3月，联邦政府勒令哈佛进行10点整改，具体措施为向联邦政府提供所有录取学生数据、禁止校园抗议活动参与者戴面罩、立即关闭包容性（DEI）项目、打击反犹太主义等，否则将审查87亿美元拨款以及总值2.556亿美元的项目合同。
在哈佛明确拒绝后，特朗普政府于4月中旬冻结了20多亿美元的联邦拨款资金，还考虑再冻结10亿美元拨款，发起针对哈佛运营的多项调查、威胁国际学生的教育、宣布考虑撤销哈佛大学的免税资格等。
特朗普政府于5月22日以所谓“维护国家安全”的名义进一步取消哈佛获得的学生和交流学者项目资质，禁止该校招收国际生。
超过1.2万名哈佛校友在6月9日签署法律声明，反对联邦政府暂停对哈佛的拨款。这是美国史上单一学校最大规模的校友意见书。校友们指责联邦政府在没有任何正当程序和法律依据的情况下，完全无视宪法的相关规定，采取一切可用力量损害哈佛。
意见书指责联邦政府用恐吓、胁迫和敲诈手段来逼迫哈佛满足政府的政治要求，指出联邦政府暂停对哈佛拨款的影响超过学校本身，阻挠了其他美国人从哈佛研究中受益。
校友们还指出联邦政府在缺乏正当程序和充分证据上做出的反犹指控，不应作为联邦政府非法惩罚和控制教育机构的理由，联邦政府对哈佛的大部分整改要求都与打击反犹主义毫无关系，也与打击校园中的其他歧视问题无关。
数月来，白宫和哈佛一直在就恢复研究经费进行谈判。直到8月13日，有消息人士透露，双方已接近达成协议，前者出资5亿美元以换取政府恢复联邦拨款。
有分析指出，该诉讼很有可能一直打到最高法院，这一趋势在近期已成常态，包括关税措施以及对美联储理事的罢免等。目前最高法由保守派大法官占多数席位。自特朗普上台后，最高法对总统权力范围的认定也越来越广。