当地时间5月13日，美国联邦政府与哈佛大学的战斗进一步升级。白宫打击反犹主义工作组发表声明，指责哈佛大学存在种族歧视、反犹主义泛滥，宣布8个联邦机构将进一步终止对哈佛大学的拨款。
对联邦政府的新行动，哈佛大学选择“硬刚”。该校律师火速修改上月对联邦政府提起的诉讼，扩大被告名单，并在马萨诸塞州联邦地区法院提交修改后的起诉书。
美国总统唐纳德·特朗普认为美国大学正在成为左翼意识形态的大本营，上台后成立了打击反犹主义工作组对全美大学展开调查。
打击反犹主义工作组在周二的声明中控诉哈佛大学在招生时搞种族歧视，称学校的犹太学生遭到侮辱、恐吓、人身攻击，但校方没有采取任何有效行动。
声明指责哈佛大学成为“炫耀道德优越感和歧视的滋生地”，宣布在已经暂停的22亿美元联邦拨款基础上，8个联邦机构将进一步暂停对哈佛大学的4.5亿美元拨款。这8个机构包括美国能源部、农业部、住房和城市发展部等。
打击反犹主义工作组的声明发出后数小时，哈佛大学律师立刻在马萨诸塞州联邦地区法院提交修改版本的起诉书，把美国农业部、住房和城市发展部加入被告名单，能源部、司法部、教育部等部门此前已经被列为被告。
4月，哈佛大学正式起诉美国联邦政府，要求恢复对该校的22亿美元研究资金拨款。在修改的起诉书中，哈佛大学加入了特朗普政府对哈佛大学的最新威胁，包括最新暂停的4.5亿美元拨款、美国教育部长琳达·麦克马洪本月初宣布停止今后对哈佛大学的所有联邦新拨款。
起诉书指控被告违反美国宪法第一修正案、干涉私立大学的自主权，还违反1964年《民权法》等多项联邦法律。哈佛大学强调该校反对任何形式的反犹主义，指出该校进行了系统性改革以消除校园的反犹主义。但特朗普政府没有提及哈佛大学做出的改进，而是直接暂停对医疗、科技等广泛领域的研究拨款，而相关研究与反犹主义问题“毫不相关”。
起诉书要求法官裁定联邦政府的行动非法，恢复对哈佛大学的所有拨款。马萨诸塞州联邦地区法院此前安排的首次出庭辩论日期为7月21日。
周一，哈佛大学校长艾伦·加伯给教育部长麦克马洪致信，详细列出了该校过去1年为打击反犹主义实施的系统改革。加伯本人就是犹太人。
加伯警告，联邦政府对私立大学的越权管理以及无视哈佛大学的合法行动破坏了学校的改革进程。他承诺哈佛大学将继续依照法律、在与股东磋商的情况下实施必要改革。但学校“不会因为害怕联邦政府的无端报复行为，而放弃受到法律保护的核心原则”。加伯还表示，学校不是共和党阵营也不是民主党阵营，“不是任何政党的分支，今后也不会是”。
全美大学都在关注联邦政府与哈佛大学的战斗。除哈佛大学之外，打击反犹主义工作组启动了对60多所大学的审查。目前美国当局已经暂停了对7所大学的部分联邦拨款，包括去年亲巴勒斯坦游行的焦点地哥伦比亚大学。
哈佛大学被视为最有底气与美国政府“硬刚”的大学。作为私立大学，除联邦拨款之外，捐赠是哈佛大学的主要资金来源。
2024财年，哈佛大学的营运费中有近40%来自捐赠，其余则依靠联邦和非联邦研究资金拨款、学生学费、校友及友人赠礼。截至2024年6月，哈佛大学收到的捐赠高达532亿美元，为全美大学最高。
但大部分捐赠都附带具体要求，比如用于哪些项目和学院，不能随意使用。美国政府暂停拨款也对该校的部分研究项目产生了影响。