美国历史最悠久的私立大学哈佛与白宫的矛盾急剧升级。
美东时间6月5日，哈佛大学就特朗普政府禁止其国际生入境的决定提起诉讼。哈佛方面表示，特朗普刻意回避法官放行其继续招收国际生的命令，此举不是为了保护所谓的国家利益，而是为了报复。
本轮巴以冲突爆发后，常青藤成员、加州大学系等引领的美国高校学生反犹活动此起彼伏，并逐步蔓延到了整个高等教育界。第二次入主白宫之后，特朗普誓言要对被其视为左翼大本营的大学采取行动，试图迫使后者遵守他的政治议程。历史最悠久的私立大学哈佛成为重点目标。
今年3月，联邦教育部、卫生与公共服务部和总务管理局联合勒令哈佛进行10点整改要求，包括对领导结构、招生和招聘进行彻底改革。具体措施为向联邦政府提供所有录取学生数据、禁止校园抗议活动参与者戴面罩、立即关闭包容性（DEI）项目、打击反犹太主义等，否则将审查87亿美元拨款以及总值2.556亿美元的项目合同。
在哈佛明确拒绝后，特朗普政府于4月中旬冻结了20多亿美元的联邦拨款资金，还考虑再冻结10亿美元拨款，发起针对哈佛运营的多项调查、威胁国际学生的教育、宣布考虑撤销哈佛大学的免税资格等。
5月22日，国土安全部根据特朗普命令暂停哈佛招收国际学生的资格，后者的学生和交流访问者项目（SEVP）认证被撤销。随后加州联邦法官杰弗里·怀特法官发布了全美范围的临时禁令，阻止其在相关案件审理期间终止各大学（包括哈佛）国际学生合法身份的措施生效，还禁止其以移民身份为由，逮捕或拘留在美国之外出生的学生。
5月29日，马萨诸塞州联邦地区法院法官也批准了哈佛提出的发布初步禁令请求，叫停特朗普政府取消哈佛招收外国学生资质的政策，待各方协商并提交提议供法官下一步审议之后，将发布最终的初步禁令。
但就在5月29日听证会的前一天，国土安全部突然向哈佛发出通知，给予后者30天的时间，对政府撤销其招收外国学生和交流学者资格的政策提出异议。
6月4日，特朗普又签署公告，暂停国际生作为哈佛新生进入美国。他还准备撤销部分在读哈佛学生的签证。白宫指出，特朗普的公告将暂停在F、M和J签证类别下的非移民哈佛新生进入美国，限制期为6个月。F类签证为学术类学习的学生签证，M类签证为职业技术、非学术类学生签证，J类签证为交流访问学者签证。该限制不针对通过学生交换签证项目（SEVP）在其他美国大学读书的外国人。
声明称，美国联邦调查局多年来一直警告美国的外国对手利用美国高等教育窃取信息、传播错误消息。因此为了保护美国的国家安全，接收外国学生的美国教育机构应该在被要求时提供相关信息，协助联邦政府解决外国学生的行为不当问题。特朗普认为，如果一所学术机构拒绝就外国学生的行为不当和犯罪情况提供充足信息，将对美国国家安全构成“不可接受”的风险。